HoloFood Data Portal
Access samples and data collected and generated by the HoloFood project.
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Details for MGYG000307554, a genome assembled from HoloFood salmon metagenomes
MGYG000307514
Genomes in MGnify Genome Catalogues are clustered by sequence similarity, at the species level. A cluster representative genome is chosen as the best quality genome for each cluster. This representative may or may not be from HoloFood data.
View MGYG000307514 on MGnifyMGYG000307554’s cluster representative genome MGYG000307514 has been annotated by MGnify’s Genomes pipeline. CAZy (Carbohydrate-Active enZymes) annotations are particularly relevant to HoloFood’s experimental goals, and this graphic shows the number of CAZy annotations on MGYG000307514 from each CAZy category.
MGYG000307554’s cluster representative (MGYG000307514) has been searched for in all HoloFood samples, using a sourmash-based tool. These samples contain some or all of the kmers in MGYG000307514’s sequence. Because MGYG000307554 has been clustered with MGYG000307514 at 95% sequence similarity, this indicates that these samples are likely to contain MGYG000307554.
| Containment | Sample accession | Animal accession | Treatment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 0.24 | SAMEA7688134 | Sanford Blue Mussel Meal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 0.24 | SAMEA7688037 | Fermented algae meal (added in in oil coating) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 0.23 | SAMEA7688113 | Sanford Blue Mussel Meal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 0.22 | SAMEA7688221 | Sanford Blue Mussel Meal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 0.22 | SAMEA7688234 | Sanford Blue Mussel Meal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 0.21 | SAMEA7688233 | Sanford Blue Mussel Meal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 0.21 | SAMEA7688226 | Sanford Blue Mussel Meal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 0.21 | SAMEA7688109 | Sanford Blue Mussel Meal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 0.20 | SAMEA7688071 | Sanford Blue Mussel Meal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
